Действие происходит в ближайшем будущем, в мире, разрушенном ядерным апокалипсисом. Большинство городов были разрушены на земле, и их жители встретили смерть. выжила только горстка людей, в том числе группа из нескольких тысяч, которая, когда падали бомбы, находилась в Московском метро , которое является крупнейшим анти -ацечным убежищем в истории. В последующие годы они создали собственное самообладание под землей. На поверхности поверхности излучение мутировали животные, превращая их в монстров, которые все больше атакуют последние бастионы человечества.

Мы снова играем в артаому, то есть герой первой части. Метро 2033 имел два разных окончания. Для целей продолжения создатели должны были решить, какие из них оказались бы истинными . В конечном счете было выбрано более пессимистичное из финала.